Propriedades Antineoplásicas: Pacientes com indicação de cirurgia e/ou irradiação não devem ser tratados apenas com quimioterapia. A classificassão seguinte é um guia para várias doenças que podem se beneficiar da quimioterapia com ciclofosfamida:
A. Desordens mieloproliferativas e linfoploliferativas frequentemente sensíveis:
1. Linfomas malignos (Estádios III e IV, de acordo com o estadiamento de Peter).
2. Mieloma múltiplo.
3. Leucemias.
4. Mycosis fungoides (estado avançado).
B. Tumores malignos sólidos frequentemente sensíveis:
1. Neuroblastoma (em pecientes com dissemineção).
2. Adenocarcinoma do ovário.
3. Retinoblastoma.
C. Tumores malignos raramente sensíveis:
1. Carcinoma de mama.
2. Neoplasias do pulmão
Propriedades imunossupressoras: A ciclofosfamida também tem sido usada no tratamento de doenças autoimunes e imunopatias não específicas (por exemplo, granulomatose de Wegener), quando estas doenças se mostram resistentes aos tratamentos convencionais de primeira e segunda linha, e para prevenção da rejeição de transplantes. A ciclofosfamida pode ser recomendada para uso no tratamento de tumores não-malignos apenas quando os benefícios ao paciente forem superiores ao risco do tratamento com a ciclofosfamida.

Hematopoéticas: Leucopenia é um efeito esperado e é normalmente usado como guia para a terapia. Trombocitopenia e/ou anemia podem ocorrer em alguns pacientes; estes efeitos são quase sempre reversíveis após interrupção da terapia.
Gastrointestinais: Anorexia, náuseas e vômitos são comuns e relacionados à dose e a suscetibilidade individual. Há relatos isolados
de casos de colite hemorrágica, ulceração da mucosa oral e icterícia e durante e terapia.
Geniturinárias: Supressão gonadal, resutando em amenorréia ou azoospermia, foi relatada em alguns pacientes tratados com
ciclofosfamida, e parece ser relacionada à dose e duração da terapia. Este efeito possivelmente irreversível, deve ser explicado
antecipadamente aos peacientes tratados com ciclofosfamida. Fibrose do ovário seguindo à terapia com ciclofosfamida tabém foi
relatada.
Toxicidade cardíaca: Embora poucos casos de disfunção cardíaca tenham sido relatados com o uso de ciclofosfamida, nenhuma
relação causal foi estabelecida. Há relatos de que a cardiotoxicidade induzida pela doxorrubicina pode ser potencializada com a
ciclofosfamida.
Cicatrização: A ciclofosfamida pode intefrerir com a cicatrização normal.
Retenção inapropriada de água: Com altas doses de ciclofpsfamida há relatos de retenção inapropriada de água resultando em
hiponatremia, convulsão e morte. O efeito é direto sobre os túbulos renais.